La legge quadro sulle aree protette agli art. 9, 10,11, 12 e 14 individua gli organi e gli strumenti di gestione per perseguire le finalità istitutive del Parco e i più generali obiettivi di conservazione e sviluppo sostenibile.
Gli organi di gestione che compongono l'Ente Parco, che ha personalità di diritto pubblico, sede legale e amministrativa nel territorio del parco ed è sottoposto alla vigilanza del Ministero dell'ambiente, sono: il Presidente il Consiglio Direttivo la Giunta Esecutiva il Collegio dei Revisori dei Conti la Comunità del Parco.
Il Presidente è nominato con decreto del Ministro dell'ambiente, d'intesa con i presidenti delle regioni o delle province autonome di Trento e di Bolzano nel cui territorio ricada in tutto o in parte il parco nazionale.
Il Consiglio direttivo è formato dal Presidente e da dodici componenti, nominati con decreto del Ministro dell'ambiente, scelti tra persone particolarmente qualificate per le attività in materia di conservazione della natura o tra i rappresentanti della Comunità del parco.
La Giunta esecutiva è eletta dal Consiglio direttivo ed è formata da cinque componenti, compreso il Presidente, secondo le modalità e con le funzioni stabilite nello statuto dell'Ente Parco.
Il Collegio dei revisori dei conti è nominato con decreto del Ministro del tesoro ed è formato da tre componenti scelti tra funzionari della Ragioneria generale dello Stato ovvero tra iscritti nel ruolo dei revisori ufficiali dei conti.
La comunità del parco è costituita dai presidenti delle regioni e delle province, dai sindaci dei comuni e dai presidenti delle comunità montane nei cui territori sono ricomprese le aree del parco.
La comunità del parco è organo consultivo e propositivo dell'Ente parco, il suo parere è obbligatorio: sul regolamento del parco; sul piano per il parco; sul bilancio e sul conto; delibera, previo parere vincolante del Consiglio direttivo, il piano pluriennale economico e sociale e vigilia sulla sua attuazione.