Esistono disposizioni speciali per i fondi erogati dal dispositivo per la ripresa e la resilienza allo scopo di sostenere la trasformazione ecologica e digitale dei paesi dell'UE a seguito della pandemia di COVID-19 nell'ambito dello strumento per la ripresa NextGenerationEU.
I fondi erogati a fondo perduto propri dell'UE sono gestiti in regime di gestione diretta o indiretta.
I finanziamenti dell'UE sono gestiti direttamente dalla Commissione europea.
I finanziamenti dell'UE possono essere gestiti in tre modi diversi: gestione diretta, gestione concorrente, gestione indiretta.
La Commissione europea è direttamente responsabile di tutte le fasi dell'attuazione di un programma, pubblicazione degli inviti a presentare proposte, valutazione delle proposte presentate, firma delle convenzioni di sovvenzione, controllo dell'esecuzione dei progetti, valutazione dei risultati, erogazione dei finanziamenti.
La gestione concorrente viene utilizzata soprattutto per la politica di coesione e l'agricoltura, in particolare attraverso i seguenti fondi: Fondo europeo di sviluppo regionale – sviluppo regionale e urbano, Fondo di coesione – convergenza economica delle regioni meno sviluppate, Fondo sociale europeo – inclusione sociale e buon governo, Fondo per una transizione giusta - sostiene le regioni più colpite dalla transizione verso la neutralità climatica, Fondo europeo agricolo per lo sviluppo rurale, Fondo europeo per gli affari marittimi e la pesca.
I programmi a gestione indiretta rappresentano circa il 10% del bilancio complessivo dell'UE.
I finanziamenti assumono la forma di sovvenzioni, che vanno richieste a livello nazionale.