L'iscrizione al registro unico nazionale del Terzo settore è di per sé gratuita.
L’unico pagamento riguarda le imposte di registro e di bollo per la registrazione dell’atto costitutivo e dello statuto, obbligatoria anche per gli enti privi di personalità giuridica.
L’imposta di registro ammonta a 200 euro e si deve versare tramite modello F24 presso un qualsiasi ufficio postale o filiale di banca.
A questa spesa si aggiunge quella per l'acquisto dei bolli da applicare all'atto costitutivo e allo statuto: un bollo da 16 euro ogni 4 pagine o ogni 100 righe di testo.
Il codice del Terzo settore prevede per gli Ets che le modifiche statutarie che hanno lo scopo di adeguare gli atti a modifiche della normativa sono esenti dall’imposta di registro.
Inoltre, gli atti, i documenti, le istanze, i contratti, nonché le copie anche se dichiarate conformi, gli estratti, le certificazioni, le dichiarazioni, le attestazioni e ogni altro documento cartaceo o informatico in qualunque modo denominato posti in essere o richiesti dagli enti del Terzo settore sono esenti dall'imposta di bollo.
Le organizzazioni di volontariato e le associazioni di promozione sociale in fase di “trasmigrazione” dai precedenti registri regionali sono quindi esenti, in fase di registrazione dello statuto adeguato, sia dall’imposta di registro che dall’imposta di bollo.